霉菌毒素是霉菌的毒性代谢产物。霉菌产毒仅限于少数产毒霉菌的部分菌株。不同的霉菌可产生同一种霉菌毒素，而一种菌种或菌株可产生几种霉菌毒素。目前已发现的霉菌毒素约200余种，其中少部分在自然条件下可引起动物及人中毒。比较重要的有黄曲霉毒素、赭曲酶毒素、杂色曲霉素、岛青霉素、黄天精、环氯素、展青霉素、橘青霉素、褶皱青霉素、黄绿青霉素、青霉酸、圆弧青霉偶氮酸、二氢雪腐镰刀菌烯酮、F-2毒素等。毒性作用表现为：肝脏毒、肾脏毒、神经毒、光致敏性皮炎毒、造血组织毒等，部分霉菌毒素已证明具有致突变性及致癌性。
霉菌毒素对人和动物具有多种危害，常见的玉米中的赤霉烯酮具有类雌激素的作用。