开放阅读框

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模板:NoteTA 开放阅读框（英语：Open reading frame；缩写：ORF；其他译名：开放阅读框架、开放读架等）是指在给定的阅读框架中，不包含终止密码子的一串序列。这段序列是生物个体的基因组中，可能作为蛋白质编码序列的部分。基因中的ORF包含并位于开始编码与终止编码之间。由于一段DNA或RNA序列有多种不同读取方式，因此可能同时存在许多不同的开放阅读框架。有一些电脑程式可分析出最可能是蛋白质编码的序列。

例子

一段5'-UCUAAAGGUCCA-3'序列。此序列共有3种读取法：

  1. UCU AAA GGU CCA
  2. CUA AAG GUC
  3. UAA AGG UCC

由于UAA为终止编码，因此第三种读取法不具编译出蛋白质的潜力，故只有前两者为开放阅读框架。

找ORF的软件

在线寻找ORF的软件：ORF Finder

功能

ORF Finder 被用来预测已存在的编码区的小基因序列。也可用于大规模的开放式阅读框寻找。

参见

外部连结

  • Translation and Open Reading Frames - A Site explaining Open Reading Frames
  • NCBI ORF finder - A web based interactive tool for predicting and analysing ORFs from nucleotide sequences.
  • ORF finder - A web based interactive tool for predicting and analysing ORFs from nucleotide sequences - hosted at bioinformatics.org
  • Sequerome - A Sequence profiling tool that links each BLAST record to the NCBI ORF enabling complete ORF analysis of a BLAST report
  • StarORF - 多平台， Java根据，为预言和分析ORFs和得到反向补全序列的GUI工具

参考来源

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