阴茎、前列腺和睾丸的异常可以引起心理障碍和机体的损害。阴茎疾患可以由损伤、炎症或感染，包括性传播疾病引起。皮肤癌发生较少。阴茎先天缺陷可以造成排尿和正常性生活困难。
最常见的前列腺疾病是前列腺增生，它可以引起排尿困难。其他还有前列腺炎和前列腺癌。睾丸也可以发生癌变，影响生育。如果不加以治疗可以引起死亡。还有睾丸扭转，腹股沟疝等疾病。