抗病毒药物可以干扰病毒复制的任何一个过程而起作用：病毒先吸附于细胞，被细胞摄入，再除掉病毒包膜释放基因物质，由细胞制造新的病毒颗粒。
因为病毒仅能在细胞内复制，它们应用正常细胞应用的相同代谢途径，抗病毒药物常常对机体细胞较之抗生素更具毒性。抗病毒药物的另一问题是病毒可以快速地发生耐药状态。