有一层连续的内皮和完整的基膜。
内皮细胞无核的部分极薄。吞饮小泡贯穿细胞的全厚度。内皮胞质上有许多小孔，孔上有时有隔膜，约厚4~6nm，基膜完整。通透性比连续性毛细血管大。
有孔毛细血管多存在于胃肠黏膜、肾小球、某些内分泌腺等处。