查看“SgRNA”的源代码

<div style="padding: 0 4%; line-height: 1.8; color: #1e293b; font-family: 'Helvetica Neue', Helvetica, 'PingFang SC', Arial, sans-serif; background-color: #ffffff; max-width: 1200px; margin: auto;">

    <div style="margin-bottom: 30px; border-bottom: 1.2px solid #e2e8f0; padding-bottom: 25px;">
        <p style="font-size: 1.1em; margin: 10px 0; color: #334155; text-align: justify;">
            <strong>sgRNA</strong>（Single Guide RNA，单向导 RNA）是 CRISPR-Cas9 基因编辑系统中的核心导航元件。它是科学家基于天然 CRISPR 系统中的 <strong>[[crRNA]]</strong>（CRISPR RNA）和 <strong>[[tracrRNA]]</strong>（反式激活 crRNA）进行人工融合改造而成的嵌合 RNA 分子。
            <br>sgRNA 将天然的双 RNA 结构简化为一条单链 RNA，其 5' 端包含一段约 20nt 的<strong>间隔序列 (Spacer)</strong>，用于通过碱基互补配对特异性识别目标 <strong>[[DNA]]</strong>；其 3' 端则形成了复杂的二级结构（骨架 Scaffold），用于招募并锚定 <strong>[[Cas9]]</strong> 核酸酶。sgRNA 的发明极大简化了基因编辑的操作流程，只需一段 RNA 即可引导 Cas9 到达基因组的任意位置，实现了真正的“可编程”基因编辑。
        </p>
    </div>

    <div class="medical-infobox mw-collapsible mw-collapsed" style="width: 100%; max-width: 320px; margin: 0 auto 35px auto; border: 1.2px solid #bae6fd; border-radius: 12px; background-color: #ffffff; box-shadow: 0 8px 20px rgba(0,0,0,0.05); overflow: hidden;">
        
        <div style="padding: 15px; color: #1e40af; background: linear-gradient(135deg, #e0f2fe 0%, #bae6fd 100%); text-align: center; cursor: pointer;">
            <div style="font-size: 1.2em; font-weight: bold; letter-spacing: 1.2px;">sgRNA</div>
            <div style="font-size: 0.7em; opacity: 0.85; margin-top: 4px; white-space: nowrap;">Single Guide RNA (点击展开)</div>
        </div>
        
        <div class="mw-collapsible-content">
            <div style="padding: 25px; text-align: center; background-color: #f8fafc;">
                <div style="width: 100px; height: 100px; background-color: #e2e8f0; border-radius: 50%; margin: 0 auto; display: flex; align-items: center; justify-content: center; color: #94a3b8; font-size: 0.8em;">
                    <span style="font-size: 2em;">🧬</span>
                </div>
                <div style="font-size: 0.8em; color: #64748b; margin-top: 12px; font-weight: 600;">Cas9 的“北斗导航”</div>
            </div>

            <table style="width: 100%; border-spacing: 0; border-collapse: collapse; font-size: 0.85em;">
                <tr>
                    <th colspan="2" style="padding: 8px 12px; background-color: #e0f2fe; color: #1e40af; text-align: left; font-size: 0.9em; border-top: 1px solid #bae6fd;">分子构成</th>
                </tr>
                <tr>
                    <th style="text-align: left; padding: 6px 12px; background-color: #f8fafc; color: #475569; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; width: 40%;">组成部分</th>
                    <td style="padding: 6px 12px; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; color: #0f172a;">Spacer + Scaffold</td>
                </tr>
                <tr>
                    <th style="text-align: left; padding: 6px 12px; background-color: #f8fafc; color: #475569; border-bottom: 1px solid #e2e8f0;">全长</th>
                    <td style="padding: 6px 12px; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; color: #0f172a;">~100 nt (标准)</td>
                </tr>
                <tr>
                    <th style="text-align: left; padding: 6px 12px; background-color: #f8fafc; color: #475569; border-bottom: 1px solid #e2e8f0;">靶向序列</th>
                    <td style="padding: 6px 12px; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; color: #1e40af;">~20 nt (可定制)</td>
                </tr>
                <tr>
                    <th style="text-align: left; padding: 6px 12px; background-color: #f8fafc; color: #475569; border-bottom: 1px solid #e2e8f0;">种子序列</th>
                    <td style="padding: 6px 12px; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; color: #16a34a;">PAM 近端 8-12 nt</td>
                </tr>
                
                <tr>
                    <th colspan="2" style="padding: 8px 12px; background-color: #e0f2fe; color: #1e40af; text-align: left; font-size: 0.9em; border-top: 1px solid #bae6fd;">关键功能</th>
                </tr>
                <tr>
                    <th style="text-align: left; padding: 6px 12px; background-color: #f8fafc; color: #475569; border-bottom: 1px solid #e2e8f0;">配对原则</th>
                    <td style="padding: 6px 12px; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; color: #0f172a;">Watson-Crick 互补</td>
                </tr>
                <tr>
                    <th style="text-align: left; padding: 6px 12px; background-color: #f8fafc; color: #475569; border-bottom: 1px solid #e2e8f0;">伴侣蛋白</th>
                    <td style="padding: 6px 12px; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; color: #1e40af;">[[Cas9]], [[dCas9]]</td>
                </tr>
                 <tr>
                    <th style="text-align: left; padding: 6px 12px; background-color: #f8fafc; color: #475569;">化学修饰</th>
                    <td style="padding: 6px 12px; color: #0f172a;">2'-O-methyl, PS (增强稳定性)</td>
                </tr>
            </table>
        </div>
    </div>

    <h2 style="background: #f1f5f9; color: #0f172a; padding: 10px 18px; border-radius: 0 6px 6px 0; font-size: 1.25em; margin-top: 40px; border-left: 6px solid #0f172a; font-weight: bold;">分子解剖：从双链到单链</h2>
    
    
    <p style="margin: 15px 0; text-align: justify;">
        sgRNA 的设计是 Jennifer Doudna 和 Emmanuelle Charpentier 团队的神来之笔，它将天然复杂的细菌免疫组件简化为了实验室易用的工具。
    </p>

    <div style="background-color: #f0f9ff; border-left: 5px solid #1e40af; padding: 15px 20px; margin: 20px 0; border-radius: 4px;">
        <ul style="margin: 0; padding-left: 20px; color: #334155;">
            <li style="margin-bottom: 12px;"><strong>1. 间隔序列 (Spacer, 5'端)：</strong> 位于 sgRNA 的最前端，通常为 20 个核苷酸。这是 sgRNA 中唯一需要根据靶基因进行“编程”的部分。它通过碱基互补配对与 DNA 结合。注意，Spacer 的选择必须紧邻基因组上的 <strong>[[PAM]]</strong> (NGG) 序列。</li>
            <li style="margin-bottom: 12px;"><strong>2. 种子序列 (Seed Sequence)：</strong> Spacer 中靠近 PAM 的 8-12 个碱基被称为“种子序列”。这一区域的配对严谨性最高，如果种子序列发生错配，Cas9 通常无法结合或切割，这是决定<strong>脱靶效应 (Off-target)</strong> 的关键区域。</li>
            <li style="margin-bottom: 0;"><strong>3. 骨架 (Scaffold, 3'端)：</strong> 由天然的 crRNA 重复序列和 tracrRNA 通过人工设计的“四环 (Tetraloop)”连接而成。这部分形成特定的发夹结构（Hairpin），如同把手一样被 Cas9 蛋白紧紧抓住，激活 Cas9 的酶活性。</li>
        </ul>
    </div>

    <h2 style="background: #f1f5f9; color: #0f172a; padding: 10px 18px; border-radius: 0 6px 6px 0; font-size: 1.25em; margin-top: 40px; border-left: 6px solid #0f172a; font-weight: bold;">技术演进：从 sgRNA 到 pegRNA</h2>
    
    <p style="margin: 15px 0; text-align: justify;">
        随着基因编辑技术的发展，sgRNA 的结构也在不断进化，以适应更复杂的编辑需求。
    </p>

    <div style="overflow-x: auto; margin: 20px auto;">
        <table style="width: 100%; border-collapse: collapse; border: 1.2px solid #cbd5e1; font-size: 0.9em; text-align: left;">
            <tr style="background-color: #f1f5f9; border-bottom: 2px solid #0f172a;">
                <th style="padding: 12px; border: 1px solid #cbd5e1; color: #0f172a; width: 20%;">类型</th>
                <th style="padding: 12px; border: 1px solid #cbd5e1; color: #1e40af; width: 30%;">结构特征</th>
                <th style="padding: 12px; border: 1px solid #cbd5e1; color: #475569; width: 50%;">应用场景</th>
            </tr>
            <tr>
                <td style="padding: 10px; border: 1px solid #cbd5e1; font-weight: 600;">标准 sgRNA</td>
                <td style="padding: 10px; border: 1px solid #cbd5e1;">20nt Spacer + Scaffold</td>
                <td style="padding: 10px; border: 1px solid #cbd5e1;">Knock-out, CRISPRi, CRISPRa (通用)</td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="padding: 10px; border: 1px solid #cbd5e1; font-weight: 600;">tru-gRNA</td>
                <td style="padding: 10px; border: 1px solid #cbd5e1; color: #1e40af;">缩短的 Spacer (17-18nt)</td>
                <td style="padding: 10px; border: 1px solid #cbd5e1;">降低脱靶效应 (减少对错配的容忍度)</td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="padding: 10px; border: 1px solid #cbd5e1; font-weight: 600;">[[pegRNA]]</td>
                <td style="padding: 10px; border: 1px solid #cbd5e1; color: #16a34a;">3'端带有 RT 模板和 PBS</td>
                <td style="padding: 10px; border: 1px solid #cbd5e1;"><strong>[[引导编辑]] (Prime Editing)</strong>：可实现任意碱基的精准替换。</td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="padding: 10px; border: 1px solid #cbd5e1; font-weight: 600;">Chem-mod sgRNA</td>
                <td style="padding: 10px; border: 1px solid #cbd5e1;">两端含 2'-O-methyl 等修饰</td>
                <td style="padding: 10px; border: 1px solid #cbd5e1;">临床治疗 (防止在细胞内被 RNA 酶降解，提高半衰期)</td>
            </tr>
        </table>
    </div>

    <h2 style="background: #f1f5f9; color: #0f172a; padding: 10px 18px; border-radius: 0 6px 6px 0; font-size: 1.25em; margin-top: 40px; border-left: 6px solid #0f172a; font-weight: bold;">设计原则与质控</h2>
    
    <ul style="padding-left: 25px; color: #334155; margin-top: 15px;">
        <li style="margin-bottom: 12px;"><strong>GC 含量：</strong> 理想的 GC 含量通常在 40%-60% 之间。GC 含量过高可能导致二级结构复杂，过低则结合不稳。</li>
        <li style="margin-bottom: 12px;"><strong>Poly-T 规避：</strong> 这种序列应避免出现连续的 4 个 T (TTTT)，因为这会作为 RNA 聚合酶 III (如 U6 启动子) 的转录终止信号，导致 sgRNA 提前截断。</li>
        <li style="margin-bottom: 12px;"><strong>特异性评分：</strong> 使用算法（如 MIT score, CFD score）预测脱靶风险，优先选择与其他基因组位点错配数多（>3个）的序列。</li>
    </ul>

    <div style="font-size: 0.92em; line-height: 1.6; color: #1e293b; margin-top: 50px; border-top: 2px solid #0f172a; padding: 15px 25px; background-color: #f8fafc; border-radius: 0 0 10px 10px;">
        <span style="color: #0f172a; font-weight: bold; font-size: 1.05em; display: inline-block; margin-bottom: 15px;">学术参考文献 [Academic Review]</span>
        
        <p style="margin: 12px 0; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; padding-bottom: 10px;">
            [1] <strong>Jinek M, et al. (2012).</strong> <em>A programmable dual-RNA-guided DNA endonuclease in adaptive bacterial immunity.</em> <strong>[[Science]]</strong>. <br>
            <span style="color: #475569;">[点评]：获得诺贝尔奖的奠基之作。该论文首次展示了将 crRNA 和 tracrRNA 融合为单分子 sgRNA 的可能性，证明了其足以引导 Cas9 切割 DNA。</span>
        </p>

        <p style="margin: 12px 0; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; padding-bottom: 10px;">
            [2] <strong>Doench JG, et al. (2016).</strong> <em>Optimized sgRNA design to maximize activity and minimize off-target effects of CRISPR-Cas9.</em> <strong>[[Nature Biotechnology]]</strong>. <br>
            <span style="color: #475569;">[点评]：Broad 研究所建立了广泛使用的 sgRNA 设计规则（Rule Set 2），极大提高了 sgRNA 的切割效率预测准确性。</span>
        </p>

        <p style="margin: 12px 0;">
            [3] <strong>Anzalone AV, et al. (2019).</strong> <em>Search-and-replace genome editing without double-strand breaks or donor DNA.</em> <strong>[[Nature]]</strong>. <br>
            <span style="color: #475569;">[点评]：引入了 pegRNA (prime editing guide RNA) 的概念，赋予了 sgRNA 携带“修改模板”的新功能。</span>
        </p>
    </div>

    <div style="margin: 40px 0; border: 1px solid #e2e8f0; border-radius: 8px; overflow: hidden; font-family: 'Helvetica Neue', Arial, sans-serif; font-size: 0.9em;">
        <div style="background-color: #eff6ff; color: #1e40af; padding: 8px 15px; font-weight: bold; text-align: center; border-bottom: 1px solid #dbeafe;">
            CRISPR 系统组件 · 知识图谱
        </div>
        <table style="width: 100%; border-collapse: collapse; background-color: #ffffff;">
            <tr style="border-bottom: 1px solid #f1f5f9;">
                <td style="width: 85px; background-color: #f8fafc; color: #334155; font-weight: 600; padding: 10px 12px; text-align: right; vertical-align: middle;">上级分类</td>
                <td style="padding: 10px 15px; color: #334155;">[[RNA]] • 非编码 RNA (ncRNA)</td>
            </tr>
            <tr style="border-bottom: 1px solid #f1f5f9;">
                <td style="width: 85px; background-color: #f8fafc; color: #334155; font-weight: 600; padding: 10px 12px; text-align: right; vertical-align: middle;">前体组件</td>
                <td style="padding: 10px 15px; color: #334155;">[[crRNA]] (识别) • [[tracrRNA]] (骨架)</td>
            </tr>
            <tr>
                <td style="width: 85px; background-color: #f8fafc; color: #334155; font-weight: 600; padding: 10px 12px; text-align: right; vertical-align: middle;">进化形态</td>
                <td style="padding: 10px 15px; color: #334155;">[[pegRNA]] (引导编辑) • [[gRNA文库]] (筛选)</td>
            </tr>
        </table>
    </div>

</div>