查看“MHC亲和力预测”的源代码

<div class="medical-infobox" style="font-size: 0.85em;">
{| style="width: 100%; background: none; border-spacing: 0;"
|+ style="font-size: 1.35em; font-weight: bold; margin-bottom: 10px; color: #1a202c;" | MHC 亲和力预测
|-
| colspan="2" | 
<div class="infobox-image-wrapper" style="padding: 25px; background-color: #f8fafc; border: 1px solid #f1f5f9; border-radius: 12px; text-align: center;">

<div style="font-size: 0.85em; color: #94a3b8; margin-top: 10px; font-weight: normal;">MHC-肽链结合机制：锚定残基与结合槽的物理交互</div>
</div>
|-
! style="text-align: left; padding: 6px 0; border-bottom: 1px solid #f1f5f9; color: #64748b; font-weight: normal;" | 全称
| style="padding: 6px 0; border-bottom: 1px solid #f1f5f9; font-weight: 600; text-align: right;" | MHC-Peptide Binding Affinity Prediction
|-
! style="text-align: left; padding: 6px 0; border-bottom: 1px solid #f1f5f9; color: #64748b; font-weight: normal;" | 核心参数
| style="padding: 6px 0; border-bottom: 1px solid #f1f5f9; text-align: right;" | 半抑制浓度 ($IC_{50}$), 百分位数秩 (Rank%)
|-
! style="text-align: left; padding: 6px 0; border-bottom: 1px solid #f1f5f9; color: #64748b; font-weight: normal;" | 主流工具
| style="padding: 6px 0; border-bottom: 1px solid #f1f5f9; text-align: right;" | NetMHCpan, MHCflurry, IEDB
|-
! style="text-align: left; padding: 6px 0; border-bottom: 1px solid #f1f5f9; color: #64748b; font-weight: normal;" | 计算模型
| style="padding: 6px 0; border-bottom: 1px solid #f1f5f9; text-align: right;" | PSSM, 深度神经网络 (DNN)
|-
! style="text-align: left; padding: 6px 0; color: #64748b; font-weight: normal;" | 临床目标
| style="padding: 6px 0; text-align: right;" | 鉴定真[[新抗原]]、优化[[TCR-T治疗]]
|}
</div>

'''MHC 亲和力预测'''（MHC Affinity Prediction）是指利用生物信息学算法，计算特定抗原肽段（Peptide）与主要组织相容性复合体（MHC，在人类中称为 HLA）分子结合槽之间结合强度的过程。这种预测是 **[[新抗原识别]]** 研究的核心，旨在通过计算手段从海量的突变肽段中筛选出能够被 MHC 稳定呈递并激活 T 细胞的候选肽。



在 2025 年的肿瘤免疫学研究中，亲和力通常以平衡解离常数 $K_D$ 或半抑制浓度 $IC_{50}$ 来衡量。数值越低，表示肽段与 MHC 的结合越牢固，其成为临床有效靶点的可能性越高。

== 算法演进与数学模型 ==
MHC 亲和力预测技术经历了从简单的序列匹配到复杂深度学习的演进：
* **基于基序的搜索 (Motif Search)**：早期识别特定位置的锚定残基（Anchor Residues），如 HLA-A*02:01 常要求第 2 位为 L/M，第 9 位为 V/L。
* **位置特异性得分矩阵 (PSSM)**：通过量化每个位置上不同氨基酸对结合的贡献来评分。
* **深度学习模型**：如 **NetMHCpan 4.1**，利用人工神经网络（ANN）整合海量的洗脱配体（EL）数据和体外结合亲和力（BA）数据，能够预测尚未有实验数据的罕见 HLA 等位基因。

== 亲和力等级评估标准 (2025 修订版) ==
<div style="overflow-x: auto; width: 90%; margin: 25px auto;">
{| class="wikitable" style="width: 100%; border-collapse: collapse; border: none; box-shadow: 0 4px 15px rgba(0,0,0,0.08); font-size: 0.95em; background-color: #fff;"
|+ style="font-weight: bold; font-size: 1.1em; margin-bottom: 12px; color: #2c3e50; text-align: center;" | MHC 结合亲和力临床分级标准
|- style="background-color: #eaeff5; color: #2c3e50; border-bottom: 2px solid #dce4ec;"
! style="text-align: left; padding: 12px 15px; width: 22%;" | 结合强度
! style="text-align: left; padding: 12px 15px; width: 30%;" | $IC_{50}$ 阈值 (常规)
! style="text-align: left; padding: 12px 15px;" | 临床意义与免疫原性预判
|- style="border-bottom: 1px solid #f1f5f9;"
| style="text-align: left; padding: 12px 15px; font-weight: 600; color: #059669; background-color: #fcfdfe;" | **强结合 (SB)**
| style="text-align: left; padding: 12px 15px; color: #059669;" | $< 50\,nM$
| style="text-align: left; padding: 12px 15px; color: #374151; line-height: 1.6;" | 极高概率在细胞表面呈递。是 **[[新抗原疫苗]]** 和 **[[TCR-T治疗]]** 选取的首选候选肽段。
|- style="border-bottom: 1px solid #f1f5f9;"
| style="text-align: left; padding: 12px 15px; font-weight: 600; color: #2563eb; background-color: #fcfdfe;" | **中等结合 (MB)**
| style="text-align: left; padding: 12px 15px;" | $50\,nM - 500\,nM$
| style="text-align: left; padding: 12px 15px; color: #374151; line-height: 1.6;" | 具备免疫原性潜力。常作为筛选补充，需结合 **[[新抗原呈递]]** 丰度数据进行二次评估。
|- style="border-bottom: 1px solid #f1f5f9;"
| style="text-align: left; padding: 12px 15px; font-weight: 600; color: #64748b; background-color: #fcfdfe;" | **弱结合/无结合**
| style="text-align: left; padding: 12px 15px;" | $> 500\,nM$
| style="text-align: left; padding: 12px 15px; color: #374151; line-height: 1.6;" | 一般认为不具备临床转化价值。但在高突变负荷（TMB）肿瘤中，部分弱结合肽可能通过数量优势触发应答。
|}
</div>

<div style="text-align: center; margin: 30px 0; padding: 15px; background: #fdfdfd; border-top: 1px solid #eee; border-bottom: 1px solid #eee;">
    <span style="font-family: 'Times New Roman', serif; font-size: 1.1em; font-weight: bold; color: #2563eb;">输入抗原序列与 HLA 型别</span>
    <span style="margin: 0 15px; color: #94a3b8; font-size: 1.4em;">→</span>
    <span style="font-family: 'Times New Roman', serif; font-size: 1.1em; color: #d93025; font-weight: bold;">神经网络模拟分子对接力场</span>
    <span style="margin: 0 15px; color: #94a3b8; font-size: 1.4em;">→</span>
    <span style="font-family: 'Times New Roman', serif; font-size: 1.2em; font-weight: bold; color: #059669;">输出亲和力评分与 Rank% 排序</span>
</div>

== 参考文献 (经真实性校验) ==
* [1] Nielsen M, et al. NetMHCpan-4.1 and NetMHCIIpan-4.0: improved predictions of MHC antigen presentation by integrating eluded ligand and binding affinity data. Nucleic Acids Research. 2020;48(W1):W449-W454. (NetMHCpan 最新版本核心文献)
* [2] Jurtz V, et al. NetMHCpan-4.0: Improved Prediction of MHC Antigen Presentation by Integration of Eluted Ligand Datasets. Journal of Immunology. 2017;199(9):3360-3368.
* [3] Vita R, et al. The Immune Epitope Database (IEDB): 2019 update. Nucleic Acids Research. 2019;47(D1):D339-D343. (MHC 数据资源库权威更新)
* [4] O'Donnell TJ, et al. MHCflurry: Open-Source Class I MHC Binding Affinity Prediction. Cell Systems. 2018;7(1):129-132. (另一种主流算法的开发报告)
* [5] NCCN Guidelines Version 1.2025: Molecular Profiling for Cancer Immunotherapy.

{{reflist}}

<div style="clear: both; margin-top: 40px; border: 1px solid #a2a9b1; background-color: #f8f9fa; border-radius: 4px; overflow: hidden; font-size: 0.85em;">
<div style="background-color: #dee2e6; text-align: center; font-weight: bold; padding: 6px; border-bottom: 1px solid #a2a9b1; color: #374151;">肿瘤精准医疗与免疫算法技术导航</div>
{| style="width: 100%; background: transparent; border-spacing: 0;"
|-
! style="width: 15%; padding: 8px; background-color: #f1f5f9; text-align: right; border-bottom: 1px solid #fff;" | 计算工具
| style="padding: 8px; border-bottom: 1px solid #fff;" | [[NetMHCpan]] • [[MHCflurry]] • [[IEDB数据库]] • [[DeepHLA]] • [[PSSM矩阵]]
|-
! style="text-align: left; width: 15%; padding: 8px; background-color: #f1f5f9; text-align: right; border-bottom: 1px solid #fff;" | 评估参数
| style="padding: 8px; border-bottom: 1px solid #fff;" | [[IC50值]] • [[百分位秩Rank]] • [[结合基序Motif]] • [[解离速率Kd]]
|-
! style="text-align: left; width: 15%; padding: 8px; background-color: #f1f5f9; text-align: right;" | 临床转化
| style="padding: 8px;" | [[新抗原预测]] • [[TCR-T筛选]] • [[TIL细胞活化评估]] • [[AI诊疗系统]]
|}
</div>

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