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凝胶电泳
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[[凝胶电泳]](英语:Gel electrophoresis)或称[[胶体]]电泳 是一大类技术,被科学工作{{百科小图片|bkaiy.jpg|}}者用于分离不同物理性质(如大小、形状、[[等电点]]等)的[[分子]]。凝胶电泳通常用于分析用途,但也可以作为制备技术,在采用某些方法(如质谱(MS)、[[聚合酶链式反应]](PCR)、克隆技术、DNA测序或者[[免疫]]印迹)检测之前部分提纯分子。 该技术操作简便快速,可以分辨用其它方法(如[[密度梯度离心]]法)所无法分离的DNA片段。当用低浓度的荧光[[嵌入染料]]溴化乙啶(Ethidium bromide, EB)[[染色]],在紫外光下至少可以检出1-10ng的DNA条带,从而可以确定DNA片段在[[凝胶]]中的位置。此外,还可以从电泳后的凝胶中回收特定的DNA条带,用于以后的克隆技术操作。 ==应用== 凝胶电泳被广泛用于分子[[生物学]]、遗传学和生物化学: 1.大的DNA或者RNA分子通常利用[[琼脂糖凝胶电泳]](agarose gel electrophoresis)分离,也可以使用[[聚丙烯酰胺凝胶电泳]](PAGE)。 2.[[蛋白质]]的凝胶电泳通常在加入[[十二烷基硫酸钠]]的[[聚丙烯酰胺凝胶]]中进行(SDS-PAGE),或者非变性凝胶电泳,或[[二维电泳]]。 3.[[毛细管电泳]] 4.[[酶谱]]法(zymography) 5.变性梯度[[胶凝]]电泳(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis,DGGE) [[琼脂糖]]和[[聚丙烯酰胺]]可以制成各种形状、大小和孔隙度。琼脂糖凝胶分离DNA片度大小范围较广,不同浓度琼脂糖凝胶可分离长度从200bp至近50kb的DNA片段。琼脂糖通常用水平装置在强度和方向恒定的电场下电泳。聚丙烯酰胺分离小片段DNA(5-500bp)效果较好,其分辩力极高,甚至相差1bp的DNA片段就能分开。聚丙烯酰胺凝胶电泳很快,可容纳相对大量的DNA,但制备和操作比琼脂糖凝胶困难。聚丙烯酰胺凝胶采用垂直装置进行电泳。目前,一般实验室多用琼脂糖水平平板凝胶电泳装置进行DNA电泳。 ==决定因素== 琼脂糖主要在DNA制备电泳中作为一种固体支持[[基质]],其密度取决于琼脂糖的浓度。在电场中,在中性pH值下带负电荷的DNA向阳极迁移,其迁移速率由下列多种因素决定: ===1、 DNA的分子大小:=== 线状双链DNA分子在一定浓度琼脂糖凝胶中的迁移速率与DNA分子量对数成反比,分子越大则所受阻力越大,也越难于在凝胶孔隙中蠕行,因而迁移得越慢。 ===2、 琼脂糖浓度=== 一个给定大小的线状DNA分子,其迁移速度在不同浓度的琼脂糖凝胶中各不相同。DNA电泳迁移率的对数与凝胶浓度成[[线性关系]]。凝胶浓度的选择取决于DNA分子的大小。分离小于0.5kb的DNA片段所需胶浓度是1.2-1.5%,分离大于10kb的DNA分子所需胶浓度为0.3-0.7%, DNA片段大小间于两者之间则所需胶浓度为0.8-1.0%。 ===3、 DNA分子的[[构象]]=== DNA分子处于不同构象时,它在电场中移动距离不仅和分子量有关,还和它本身构象有关。相同分子量的线状、开环和[[超螺旋]]DNA在琼脂糖凝胶中移动速度是不一样的,超螺旋DNA移动最快,而开环双链DNA移动最慢。如在电泳鉴定[[质粒]]纯度时发现凝胶上有数条DNA带难以确定是质粒DNA不同构象引起还是因为含有其他DNA引起时,可从琼脂糖凝胶上将DNA带逐个回收,用同一种[[限制性内切酶]]分别水解,然后电泳,如在凝胶上出现相同的DNA图谱,则为同一种DNA。 ===4、 电源电压=== 在低电压时,线状DNA片段的迁移速率与所加电压成正比。但是随着电场强度的增加,不同分子量的DNA片段的迁移率将以不同的幅度增长,片段越大,因场强升高引起的迁移率升高幅度也越大,因此电压增加,琼脂糖凝胶的有效分离范围将缩小。要使大于2kb的DNA片段姆直媛蚀锏阶畲?所加电压不得超过5V/cm。 ===5、嵌入染料的存在=== [[荧光染料]]溴化乙啶用于检测琼脂糖凝胶中的DNA,染料会嵌入到堆积的[[碱基对]]之间并拉长线状和带缺口的环状DNA,使其刚性更强,还会使线状DNA迁移率降低15%。 ===6、离子强度影响=== 电泳[[缓冲液]]的组成及其离子强度影响DNA的电泳迁移率。在没有离子存在时(如误用[[蒸馏水]]配制凝胶),电导率最小,DNA几乎不移动,在高离子强度的缓冲液中(如误加10×电泳缓冲液),则电导很高并明显[[产热]],严重时会引起凝胶熔化或DNA变性。 对于天然的双链DNA,常用的几种电泳缓冲液有TAE[含EDTA (pH8.0)和Tris-[[乙酸]]],TBE(Tris-[[硼酸]]和EDTA),TPE(Tris-[[磷酸]]和EDTA),一般配制成浓缩母液,储于室温。 [[分类:生物化学]][[分类:分子生物学]][[分类:遗传学]]
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