最多侵犯脑膜及脑，亦可侵犯肺。在急诊室常见的是隐球菌脑膜炎。
（一）临床表现 起病缓慢，有发热，头痛较剧烈，有恶心、呕吐，颈强直等脑膜刺激征。个别有谵妄、昏迷、视力减退、视乳头水肿等，症状与结核性脑膜炎相似。
（二）实验室检查 周围血白细胞升高，脑脊液压力明显升高，常规生化检查和结脑相仿，但墨汁染色可找到隐球菌芽孢，亦可用乳胶凝等法或ELISA法测血清抗体。
（三）诊断 根据脑膜炎的临床表现，在一机体抵抗力差或继发免疫功能低下患者，脑脊液找到隐球菌就可确诊。必要时可测血清抗体。