兼性厌氧菌（facultativeanaerobe）又称兼嫌气性微生物，兼嫌气菌、兼性好氧菌。在有氧或无氧环境中均能生长繁殖的微生物。在有氧（O2）或缺氧条件下，可通过不同的氧化方式获得能量。如酵母菌在有氧环境中进行有氧呼吸，在缺氧条件下发酵葡萄糖生成酒精。许多肠道细菌，如大肠杆菌等均属此类。
兼性厌氧菌（facultative anaerobe） 兼有需氧呼吸和无氧发酵两种功能，不论在有氧或无氧环境中都能生长，但以有氧时生长较好。大多数病原菌属于此。